قامت المؤسسة بافتتاح فرعها بمنطقة الباحة في عام 1429 هـ .. وتم اختيار مدينة الباحة كمقر له، واقام الفرع بعد تأسيسه أول ملتقى للجهات الخيرية بالمنطقة برعاية سمو أمير المنطقة آنذاك والامين العام للمؤسسة الشيخ عبدالرحمن عبدالله الراجحي وبعض من القيادات العليا في المؤسسة وتم طرح العديد من ارواق العمل، ويشرف هذا الفرع بشكل مباشر على أعمال المؤسسة وتحقيق ما تتطلع اليه من خدمة المجتمع بشكل عام. تم تكريم فرع المؤسسة من سمو أمير منطقة الباحة الامير محمد بن سعود لتأسيس المجلس التنسيقي للجهات الخيرية بالمنطقة بإشراف إمارة المنطقة.
قسم العمل الخيري: يستقبل المشاريع الخاصة بالجهات ويقيم لقاءات التواصل وورش عمل تخصصية لطرق التقديم على المؤسسة واستقبال المشاريع ودراستها واعتمادها والرفع بها للادارة.
قسم الاتصالات الادارية: وتشمل جميع الوضائف التنفيذية للفرع (محاسب – اخصائي الموارد البشرية – اخصائي علاقات عامة – منسق اداري).